Als de negatieve effecten niet uitgesloten kunnen worden met een mitigatieplan (onderdeel van Ecologisch onderzoek) moet er een compensatieplan worden opgesteld. Hierin wordt beschreven hoe de negatieve effecten op beschermde flora en fauna als gevolg van de geplande werkzaamheden gecompenseerd moeten worden. De maatregelen uit het compensatieplan zorgen er bijvoorbeeld voor dat diersoorten die voorafgaand aan de ingreep in het plangebied aanwezig waren, later ook weer terug kunnen komen.