Met ecologisch onderzoek worden de aanwezige planten- en diersoorten in een bepaald gebied onderzocht en in kaart gebracht door een. In het kader van de Wet natuurbescherming verplicht de provincie, omgevingsdienst of gemeente vaak een flora- en faunaonderzoek bij ruimtelijke plannen of een vergunningaanvraag. Als de werkzaamheden effect kunnen hebben op de aanwezige soorten dan is er een aanvullend onderzoek nodig. Dit om de vervolgstappen te bepalen die nodig zijn om de activiteiten door te kunnen laten gaan.