Mitigerende maatregelen worden getroffen om de negatieve effecten van werkzaamheden of handelen te verminderen. Als door de mitigerende maatregelen de verbodsbepalingen uit de Wet natuurbescherming niet meer worden overtreden dan is het aanvragen van een ontheffing niet nodig tijdens het ecologisch onderzoek. Er moet dan wel aantoonbaar volgens een ecologisch werkprotocol gewerkt worden.